复等位基因（multiple alleles）是指在种群中，同源染色体的相同位点上可以存在两种以上的等位基因。这些等位基因通常是由基因突变形成的，一个基因可以向不同的方向突变，导致一个基因位点上有多个不同的基因形式。任何一个杂合的二倍体个体只存在这些复等位基因中的两个不同的等位基因。复等位基因的存在增加了遗传多样性，是某些基因高度多态性的主要原因，例如人类的主要组织相容性复合体（MHC）或HLA复合体
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